La Dirección del Trabajo se organiza mediante su Dirección Nacional compuesta por cuatro departamentos operativos..

• El Departamento Jurídico que está encargado de la interpretación normativa, la defensa judicial de las/os trabajadores y la construcción de lineamientos en materia de protección de derechos.

• El Departamento de Inspección que tiene la labor de definir los lineamientos de inspección a nivel nacional, así como la construcción de mecanismos y herramientas de protección de los derechos laborales.

• El Departamento de Relaciones Laborales cuya misión es la de entregar los lineamientos y aplicación de los mecanismos de diálogo social, así como la asesoría y promoción de organizaciones sindicales.

• El Departamento de Atención de Usuarios cuyo objeto es construir y aplicar los mecanismos de acceso a las prestaciones y obligaciones de la Dirección del Trabajo para con sus usuarios. 

Además de los departamentos operativos la Dirección Nacional es apoyada por cuatro Oficinas asesoras (Contraloría, Auditoría, Control y Gestión de Multas; y Comunicaciones) y cuatro departamentos de soporte (Gestión y Desarrollo, Administración y Finanzas, Tecnologías de la Información, Gestión y Desarrollo de las Personas).

Finaliza su composición el Departamento de Estudios que es el encargado de la realización de investigaciones laborales que ayuden a nutrir la discusión en política pública a partir de la generación de conocimiento especializado sobre relaciones laborales y transformaciones del trabajo, mediante investigaciones, estudios diagnósticos, evaluaciones, generación de indicadores estadísticos, análisis de coyuntura y acciones de fortalecimiento para la participación ciudadana, que contribuyan a la elaboración de políticas públicas, al conocimiento de los diversos actores laborales y a los objetivos del Servicio.